Heyet Üyeleri:
Prof. Dr. Mustafa Şahin (Kazı Başkanı), Öğr.Gör. Derya Şahin (Kazı Bşk. Yrd.), Serkan Gündüz ve Ali Altun (Kazı Asistanları), Ayşenur Arar (Bakanlık Temsilcisi).
Prof. Dr. Hüseyin S. Başkaya (U.Ü.), Yrd.Doç. Dr. Seval Solmaz (U.Ü.), Prof. Dr. Mustafa H. Sayar (İ.Ü.), Doç. Dr. Yegan Kahya (İ.T.Ü.), Yrd. Doç. Dr. İ. Hakan Mert (S.Ü.), Dr. Mustafa Bulba
Öğrenciler: Çiğdem Öztürk, A. Hande Buğalı, Gamze Güzel, Merve Özkılıç, Semra Dalkıran, Ezel Yavuz, Pınar Pilav, Ümit Aygör, Mustafa Çimen, Tarık Türküsever, Durmuş Altan, Abdulaziz Demirel, Mürcan Kızılyaprak, Mahmut Kaya, Hakan sarıgül, Zafer Güler, Mustafa Taştümer, Mete Can, Hacer Şahan, Banu Barmak, Sevil Dallı, Seda Türüt, Özge süleymanoğlu, Ufuk Karahasanoğlu, Hicran Dedeyi, Sami aşudu, Yaşar Gürsoy, Hakan Karşıyaka, Sedat Kutlu, Ercan Ekinci, Mesut Takı, Kağan Kadıoğlu, Stanislava Hlavacova ve Kristina Smotlakova

Myndos kazılarının bir anlamda miladı olan 2006 sezonunda hem kazı Bakanlar Kurulu Kararlı kazılar statüsüne dönüşmüş, hem de kazı evinin inşası tamamlanmıştır.

2006 sezonunda kazılara başlarken hedeflediğimiz ilk araştırma yerleşimin ne kadar eskiye gittiğini belirlemekti. Çünkü yaygın kanıya göre kent ilk olarak İ.Ö. 350 civarında kurulmuştur. Diğer bir hedefimiz bugüne kadar hiçbir araştırma yapılmayan kentin planı çıkartmaya yarayacak ipuçları elde etmekti. Bu amaçla değişik sondajlarla mimari düzen anlaşılmaya çalışılmıştır.
Bu bağlamda önceliği kentin Agorasının bulunduğu yer olarak tahmin ettiğimiz her iki liman arasında kalan düzlüğe vererek burada 7 farklı sondaj açtık. A-B sondajı olarak adlandırdığımız alanda çapraz açma kazı sistemini uygulayarak sürdürdüğümüz kazı çalışmaları sonucunda kuzey-güney yönünde uzanan ve kenti besleyen tatlı su şebekesinin bir bölümü ortaya çıktı. Şebekenin geçtiği derinlik deniz seviyesine çok yakın olduğundan bataklık bir özellik arz etmektedir. Bu nedenle şebekeyi oluşturan künkler kaba taşlardan oluşan bir blokaj üzerine yerleştirilen düzgün kesme taşlardan elde edilen bir yatak üzerine yerleştirilmiş; künk içerisindeki basıncın şiddetini karşılamak için de çok kalın bir sıva ile kapatılmıştır. Sonraki bir dönemde onarım sonrasında yapılan bir yamanın direncini güçlendirmek için tesisatın üzerine yerleştirilen büyük taş blok, antik çağ mühendisliği üzerine kayda değer bir buluştur.

2006 sezonunda bizi en fazla heyecanlandıran buluntu C Açmasından geldi. Liman Kilisesi olarak adlandırdığımız yapının doğusunda kilisenin bir önceki evresine ait olabilecek tapınağın sunağını arama amacıyla başlattığımız sondajda; sunak yerine bir taraftan bir önceki açmada ortaya çıkan su şebekesinin devamı, diğer taraftan ise Oriantalizan döneme kadar geri giden (İ.Ö. 740–700) seramik parçaları bulduk. Seramik buluntular kentin kuruluşunun İ.Ö. 350 öncesine gittiğini kanıtlaması açısından sezonun en değerli keşifleri arasına kaydedildi. Daha sonra E açması olarak adlandırdığımız alanda bulunan obsidyen parçaları burada İ.Ö. 350den önceye giden bir yerleşimin olduğunu kesinlikle belgelemektedir.

2006 sezonunda diğer bir hedef alanın kuzeyinde yer alan ve doğu-batı yönünde ana kayanın üzerine yerleştirilen tapınağın ortaya çıkartılması oldu. Alanın güneyindeki düzlükte yaptığımız sondajlarda olasılıkla kutsal alanı çevreleyen temenos duvarları ortaya çıktı. Büyük taş bloklarla örülen duvarlar işçilik olarak en azından İ.Ö. 350 öncesine işaret etmektedirler. Bu kuşkumuzu duvarın önünde dolgu olarak kullanılan toprak içerisinde bulduğumuz çok sayıdaki siyah ve kırmızı figüre ait seramik parçaları da bizlere göstermektedir.
Tapınak üzerinde yapılan kazı ise alan üzerinde özellikle Bizans çağında çok oynandığını ve buraya da bir kilise inşa edilmiş olduğunu gösterdi. Kiliseye ait mozaik kaplamanın bir bölümü bu çalışmalarla sağlam olarak gün ışığına çıkartıldı. Bu bölümde bizi heyecanlandıran en önemli buluntu ise bir mermer blok üzerine kazınan ve 17 satırı korunan yazıt oldu. Bu yazıttan Stratonikeia (Eskihisar) halkının da Alabanda (Çine) halkı gibi Myndos’tan bazı ayrıcalıklar istediği anlaşılmaktadır. Ayrıcalıklar arasında vergi muafiyetinin de olması kentin antik çağda bölgenin önemli ticaret merkezlerinden birisi olduğunu göstermektedir.

2006 sezonunun bir diğer yeni açması kazı evinin hemen kuzeydoğunda yer almaktadır. Arazi sahibiyle yapılan protokol çerçevesinde başlatılan kazılar sonucunda doğu-batı yönünde uzanan ve birisi in situ olan Dor sütunları tarafından taşınan bir mekân gün ışığı ile buluştu. İşlevinin ne olduğunu söylemek için henüz çok erken olsa da konumu ve yapı tarzı burasının stoa olarak kullanılmış olabileceğini akla getirmektedir.

Bu sezon 2005 kampanyasından sadece liman girişinde bulunan ve şapel olduğunu düşündüğümüz alanda kazılara devam edilebildi. 2006 döneminde yaptığımız çalışmalar ile arka odanın da büyük bir bölümü açıldı. Burada ortaya çıkartılan su kaynağında yaptırdığımız ölçümler neticesinde suyun içilebilecek tatlı bir su kaynağı olduğu ortaya çıktı. Mekanda sürdürdüğümüz kazılar esnasında çok sayıda bulunan üzeri haç motifli mermer plaka burasının dini bir işlevinin olduğunu göstermektedir. Bu işleve, düzeltilmeyerek kaba bırakılan bir ana kayanın hemen dibindeki su kaynağı da ilave edilirse; burada bir ayazma ile karşı karşıya olduğumuz şüphe götürmeyecektir.